Participez à la FAIRisation des données scientifiques et à l'Open Science !

Présentation du logiciel #

AskOmics vise à combler le fossé entre, d'une part, les ensembles de données spécifiques aux projets des utilisateurs finaux et, d'autre part, les bases de données et de connaissances de référence du nuage de données liées (ouvertes). Il permet de charger des données bioinformatiques hétérogènes (formatées en fichiers tabulaires, format GFF ou fichiers RDF natifs) dans un triplestore RDF et de les interroger de manière transparente et interactive via une interface conviviale.

Compétences exigées pour le stagiaire contributeur #

Compétences techniques :

• Développement logiciel : Javascript (Frontend), Python (backend)
• Framework : React / Flask
• DevOps : Docker, docker-compose
• Connaissances appréciées des technologies du Web sémantique : RDF, OWL, SPARQL, SHACL

Missions proposées #

AskOmics permet d’intégrer des données génériques et s’appuie principalement sur le standard XSD pour la gestion des types simples. La structuration et l’interconnexion des jeux de données exploitant des ontologies et des vocabulaires contrôlés développés dans les communautés métiers devient une fonctionnalité primordiale et nécessaire afin d’obtenir des données intégrées accessibles, exploitables et réutilisables, comme préconisé dans les principes FAIR et de la Science Ouverte.

L’objectif du stage est d’implémenter des interfaces visuelles d’intégration sur cette thématique afin d'améliorer et d’adapter, in fine, les interactions visuelles dans les interfaces de requête et de publication des ressources des données de recherche.

Quel encadrement pour le stagiaire ? #

L'encadrement est réalisé par Matéo Boudet, administrateur des systèmes d’information à l’UMR 1349 IGEPP de l’INRAE, et Olivier Filangi, ingénieur informaticien à l’UMR 1349 IGEPP de l’INRAE.

• Contact quotidien auprès des maîtres de stage : en présentiel ou en visio conférence.
• Participation aux réunions hebdomadaires.
• Communication régulière via le portail CESGO de la plateforme GenOuest (RocketChat) et Github (Issues/ Pull Request)